Loviisassa on useita Natura 2000-alueita, joista laajin on Pernajanlahtien ja Pernajan saariston merensuojelualue. Jotkut alueista sijaitsevat kahdessa tai useammassa kunnassa.
Lapinjärvellä on yksi Natura 2000-alue, Ilveskallion vanha metsä (21 ha).